Pensando en las similitudes de las agendas regionales e institucionales de las regiones que comparten un mismo territorio y con la finalidad de sembrar las bases de cooperación entre las regiones, la Red está organizada en 4 Nodos Macroregionales, quedando constituido de la siguiente manera:

• Nodo Macro Regional Sur: Arequipa, Moquegua, Ayacucho, Cusco, Huancavelica, Apurímac, Tacna  y Puno.
• Nodo Macro Regional Norte: Piura, Tumbes, Cajamarca, La Libertad,  Lambayeque y Ancash.
  
• Nodo Macro Regional Oriente: Amazonas, Loreto, San Martín, Madre de Dios y Ucayali y Huánuco.
  
• Nodo Macro Regional Centro: Lima, Junín, Pasco e Ica.